Su Eminencia Khondung Gyana Vajra Rinpoche, hijo menor de Su Santidad el 41.º Sakya Trizin, nació el 5 de julio de 1979 en Dehradun, Uttar Pradesh, India. En sus primeros años estudió junto a su hermano mayor bajo la dirección de Venerable Rinchen Sangpo, dedicándose al estudio de textos religiosos, lectura, escritura, gramática y la memorización de oraciones y rituales esenciales.
Más adelante ingresó en Sakya Centre, principal monasterio y sede de Su Santidad el Sakya Trizin, donde recibió formación en los rituales y plegarias fundamentales de la tradición. Tras completar allí sus estudios, continuó en Sakya College, profundizando durante cinco años en la filosofía budista. A lo largo de ese periodo participó con regularidad en las ceremonias religiosas anuales celebradas en Sakya Centre y recibió de Su Santidad numerosas iniciaciones mayores, así como enseñanzas comunes y extraordinarias.
Durante muchos años recibió una formación intensiva directamente de Su Santidad, además de otros lamas de gran respeto como el fallecido Su Eminencia Chogye Trichen Rinpoche, Su Eminencia Luding Khen Rinpoche, Khenpo Appey Rinpoche y el fallecido Khenpo Migmar Rinpoche. También acompañó a Su Santidad en numerosas giras de enseñanza por India y otros países, y posteriormente regresó a la vida laica. Su Eminencia Gyana Vajra Rinpoche se casó con Dagmo Sonam Palkyi el 21 de abril de 2008.
Después de cinco años en Sakya College, solicitó un permiso para atender otras responsabilidades religiosas y puso en marcha su primera gran iniciativa, el Gyana Project. Este proyecto está dedicado a traducir al inglés las enseñanzas y comentarios sakya, y cuenta con las bendiciones de Su Santidad el Sakya Trizin, Su Eminencia Chogye Trichen Rinpoche y Su Eminencia Ngor Luding Khen Rinpoche.
Su Santidad el 41.º Sakya Trizin señaló que presentar en inglés la historia de la Escuela Sakya, las enseñanzas de los cinco maestros fundadores del linaje Sakya y los Seis Ornamentos Elegantes de la Tierra de las Nieves, junto con sus enseñanzas esenciales, sería de gran valor para los académicos occidentales y para los estudiantes del Dharma. Una recopilación así ofrecería una comprensión completa del canon budista de Tantra y Sutra, incluyendo Vinaya, Prajnaparamita, Madhyamika, Adhidharma, Pramana y la distinción entre los tres votos.
Como estos textos han estado disponibles durante mucho tiempo principalmente para lectores tibetanos y para la comunidad de habla tibetana, debido a la escasez de traducciones, el proyecto fue creado para servir a todos los estudiantes y seguidores de la escuela Sakyapa y del Dharma en un sentido más amplio. Fue concebido en un primer momento por el fallecido Khenpo Migmar Tsering, entonces abad y principal de Sakya College. Su fallecimiento supuso una gran pérdida, y en sus últimos días Rinpoche prometió a su maestro que ayudaría a hacer realidad esta visión.
Su Eminencia también trabaja para alcanzar los objetivos del Sakya Academy Project, iniciado por Su Santidad el Sakya Trizin. Su finalidad principal es ofrecer a los jóvenes novicios una sólida educación budista, incorporando al mismo tiempo un currículo moderno con materias como matemáticas y ciencias, para que la formación monástica siga siendo relevante en el mundo actual.
Otro de los propósitos de Sakya Academy es preservar y difundir las valiosas enseñanzas del Dharma del Señor Buda, así como las enseñanzas distintivas y la tradición viva de los maestros Sakyapa, para que sigan beneficiando a las generaciones futuras.